現在、ほとんどの検索エンジンでは、ユーザのプライバシー保護を理由として、各種のツールからは検索キーワードを取得することが出来ない状況になっています。
元々は、検索結果ページを SSL/TLS 通信で保護しはじめた (例えば、 Google では 2013 年の秋頃から) ため、多くの非 SSL/TLS ページからは検索結果ページの保護されたリファラが取得できず、結果的にキーワードも取得できないという理由から多発した現象でした。
しかし現在ではさらにこの状況が一歩進み、仮に自社サイトが SSL/TLS ページであっても検索結果ページのリファラが取得できないようになっているため、殆ど全ての自然検索流入はキーワード「不明(取得不可)」と集計されるようになっています。
※リファラを元に流入キーワードを取得しているツールでは同様に発生し、また技術的に回避することは出来ません